Mısırlı eğitimci, yargıç ve reformcu Muhammed Abduh, 1265’te (1849) Mısır’ın Buhayre’ye (Bahîre) bağlı Mahalletünnasr köyünde doğdu.
Bir hafız tarafından eğitildi. 13 yaşına geldiğinde Mısır’ın ikinci büyük eğitim yeri olan Ahmedi Camii'nin Kur'an Kursu'nda Medrese eğitimine başladı. Kısa bir süre sonra okulu terk ederek evlendi. 1866’da Kahire’de bulunan El-Ezher’ e kayıt oldu. Burada mantık, felsefe ve gizemcilik öğrenimi gördü.
28 yaşına geldiğinde üyelerinin arasında Mısır Hidivliği'nin şehzade ve veliahtı olan Tevfik Paşa, daha sonra başbakanlık görevi yapan Muhammed Şerif Paşa, Haziran - Ağustos 1882 tarihleri arasında Mısır Hidivliği'nde Milli Eğitim Bakanlığı yapan Abhaza Süleyman Paşa ile Saad Zaglul Paşa gibi şahsiyetlerin de bulunduğu "Kavkabu'l-Şark" (Doğunun Uydusu) adındaki Mason Locası'na katıldı.
1872’de Cemaleddin Afgani ile tanışarak Afgani’nin talebesi oldu. Risalat al Tavhid ve Tefsir al Manar adlı eserinde açıkladığı görüşleri Afgani etkisi ile yaklaştığı İbn Teymiyye görüşlerinin etkilerini taşıdı. Afgani’nin etkisi altında gazetecilik, siyaset ve mistik ruhaniyetçilikle ilgilendi. Abduh, Afgani’ den Mısır’ın ve diğer İslam ülkelerinin sorunlarını ve batıdaki bilimsel ve teknolojik ilerlemenin nedenlerini öğrenmeye çalıştı.
1877’de, El-Ezher’den aldığı derece ile ulema sınıfına dahil oldu ve aynı medresede mantık, teoloji ve etik öğretimine başladı. 1878’de Darü’l-Ulum Medresesi’ne Tarih profesörü olarak ve Hidiv Dil Okulu'na Arapça öğretmek üzere atandı. Devletin resmi yayın organı Vaka-i Mısriyye’ ye editör ve şef olarak atandı.
Urâbî Paşa’nın Hidiv İsmâil Paşa ve İngiliz sömürge yönetimine karşı başlattığı direniş hareketini desteklediği gerekçesiyle 1882 yılında üç yıl sürgün cezasına çarptırılarak Beyrut’a gönderildi. Burada ders okuttu. 1883 sonlarında Afgani’nin daveti üzerine Paris’e gitti ve onunla el-Urvetu’l Vuska dergisini çıkarmaya başladı. İngilizler’in Sudan ve Mısır’dan çekilmesini sağlamak için aralarında Muhammed Ahmed el-Mehdî ve İngiliz Savunma bakanının bulunduğu bazı kişiler ve yöneticilerle görüşmeler yaptı. Dergi kapatılıp Avrupa’daki siyasî girişimleri başarısızlıkla sonuçlanınca Abduh’un, Mısır ve İslâm dünyasının kısa vadeli gayretlerle kurtarılamayacağı yönündeki kanaati pekişti ve bu konuda Afgani’den farklı bir yol izlemeye karar verdi. 1884 yılının sonlarında Tunus’a, oradan Beyrut’a geçti. Daha çok eğitim, kültür ve düşünce konularına vurgu yapmaya ve dinler arası diyalog çalışmalarına önem vermeye başladı. Beyrut’taki evinde ve Mescidü’l-Ömerî’de siyer ve tefsir dersleri okuttu, Sultâniye Medresesi’ni ıslah edip orada hocalık yaptı ve bu arada telif çalışmalarına hız verdi. Beyrut’ta ikamet ederken eşi vefat edince ikinci evliliğini yaptı. Mısır’daki dostlarına mektup göndererek memleketine dönmenin yollarını aradı. Sa‘d Zağlûl ve Ahmed Muhtar Paşa gibi şahsiyetlerin aracılığıyla ve siyasete bulaşmaması şartıyla affedildi.
1889’da Mısır’a dönen Muhammed Abduh siyasî faaliyetlerden ümidini kesip idarecilere karşı yumuşak bir tavır takındı ve Afgani ile yaptığı iş birliğini azalttı. Önce taşrada, ardından merkezde hâkimlik görevleri aldı. II. Abbas Hilmi hidiv olunca yönetimle arası düzeldi ve başta el-Ezher olmak üzere ülkedeki eğitim ve yargı kurumlarının yeniden yapılandırılması için üst makamları ikna etti. Yabancı hukuk kitaplarını okumak amacıyla Fransızca öğrendi. Yaz aylarında Fransa ve İsviçre’ye yaptığı kısa seyahatlerde Fransızca’sını ilerletti. 1895 yılında kurulan Ezher İdare Meclisi’ne üye tayin edildi. Yaptığı teklifler ve hazırladığı programlar yönetimin ilgisini çekti ve 1899’da Mısır müftülüğüne getirildi. Hayatının sonuna kadar devam eden bu görevi sırasında bütün mesaisini ıslah çalışmalarına ayırdı. Şer‘iyye mahkemeleri ve vakıfların idaresiyle ilgili yeni düzenlemeler yaptı. Meclisü’ş-şûra’l-kavânîn üyeliğinin yanı sıra el-Cem‘iyyetü’l-hayriyye ile Cem‘iyyetü ihyâi’l-ulûmi’l-Arabiyye’nin başkanlığını üstlendi ve çeşitli kaynak kitapların basılmasını sağladı. 1903 yılında gittiği İngiltere’de filozof Herbert Spencer’le görüştü. Sidney Cockerell ve Edward Granville Browne eşliğinde Oxford ve Cambridge üniversitelerini de ziyaret edip incelemelerde bulundu. Bu gözlemleri ışığında birçok konuda reform niteliğindeki yoğun çalışmalarını sürdürürken Hidiv Abbas’ın Ezher ıslahat programını sekteye uğratan bazı girişimlerinden dolayı 1905 yılında Ezher İdare Meclisi üyeliğinden ayrıldı. Aynı yıl hastalandı ve hava değişimi için gittiği İskenderiye’de 11 Temmuz 1905 tarihinde vefat etti. Cenaze namazı İskenderiye’de kılındıktan sonra naaşı devlet töreniyle Kahire’ye getirilerek 13 Temmuz’da Karâfetü’l-mücâvirîn Mezarlığı’na defnedildi.