1936 yılında Trabzon Çaykara’da dünyaya gelen Bekir Topaloğlu, ilköğreniminin yanı sıra dedesinden Arapça ve dinî ilimler tahsil etti. Bir yıl dedesinin yanında müderris kalfalığı yaptıktan sonra iki yıl kadar Trabzon’un bir köyünde imam-hatiplik yapmıştır.
1952 yılında İstanbul İmam-Hatip Okuluna girdi, 1959’da mezun oldu. Öğrenciliği sırasında Diyanet İşleri Başkanlığı merkezinde açılan vaizlik imtihanını kazanarak İstanbul’un muhtelif camilerinde fahri vaizlik yaptı. 1959-1963 yılları arasında İstanbul Yüksek İslam Enstitüsünde yükseköğrenimini bitirdi. Bu öğrenciliği sırasında da imam-hatiplik görevi yaptı.
1963-1966 yılları arasında İstanbul İmam Hatip Okulu meslek dersleri öğretmenliği yaptı. Bu arada ilk eseri olan İslâm’da Kadın kitabını kaleme almıştır. 1966 yılı başında mezun olduğu Yüksek İslam Enstitüsüne Kelâm asistanı oldu. Prof. Muhammed Tanci idaresinde “İslam Kelâmcıları ve Filozoflarına Göre Allah’ın Varlığı” serlevhalı doktora tezini hazırlamış ve sunmuştur.
İstanbul Yüksek İslam Ensitüsünün Marmara Üniversitesine bağlı İlâhiyat Fakültesi haline getirilmesinden sonra Topaloğlu, bu fakültede 1983 yılında doktor unvanını almıştır. Aynı yıl yardımcı doçent, 1986 yılında da doçent olmuştur. 1988 yılında, İslam Felsefesi anabilim dalında, 1993 yılında da Kelâm anabilim dalında profesör olmuştur. Ekim 2002 itibariyle emekli olan Bekir Topaloğlu halen Türkiye Diyanet Vakfı İslâm Ansiklopedisinde İnceleme Kurulu Başkanlığı, Kelâm-Mezhepler Tarihi İlim Heyeti Başkanlığı ile telif ve redaksiyon görevlerini yürütmektedir.
Yirmiye yakın telifli eseri ve tercümesi olan Bekiroğlu, İslam Ansiklopedisi’nde yaklaşık kırk makalenin müellifidir. Bekiroğlu, Türkiye İslam Enstitüleri Talebe Federasyonu adına çıkarılan İslam Medeniyeti dergisinde yazılar kaleme almış ve zaman zaman çeviri metinler de yayımlamıştır.
Bekir Topaloğlu, 10 Mart 2016 tarihinde vefat etmiştir.